كتیبه سر در مسجد به خط ثلث غلیرضاى عباسى و مورخ به سال 1025 حاكى از آن است كه شاه عباس این مسجد را از مال خالص خود بنا كرده و ثواب آن را به روح جدا اعظم خود شاه طهماسب اهدا نموده است. در ذیل این كتیبه به خط ثلث محمد رضا امامى، كتیبه دیگرى نصب شده كه به موجب آن مقام معمارى و مهندسى معمار مسجد شاه استاد على اكبر اصفهان و ناظر ساختمان محب على بیكالله تجلیل شده است. مسجد شاه یكى از شاهكارهاى معمارى و كاشیكارى و حجارى ایران در قرن یازدهم هجرى است و آخرین سال تاریخى كه در مسجد دیده مى‏شود سال 1077 هجرى یعنى آخرین سال سلطنت شاه عباس دوم و 1078 هجرى یعنى اولین سال سلطنت شاه سلیمان است و معلوم مى‏دارد كه اتمام تزیینات مسجد در دوره جانشینان شاه عباس كبیر یعنى شاه صفى و شاه عباس دوم و شاه سلیمان صورت گرفته است.

كتیبه‏هاى مسجد شاهكار خطاطان معروف عهد صفویه مانند علیرضا عباسى و عبدالباقى تبریزى و محمد رضا امامى است. تزیینات عمده این مسجد از كاشیهاى خشت هفت رنگ است. در مدرسه جنوب غربى مسجد قطعه سنگ ساده‏اى به شكل شاخص در محل معینى تعبیه شده است كه ظهر حقیقى اصفهان را در چهار فصل سال نشان مى‏دهد و محاسبه آن را شیخ بهائى دانشمند فقیه و ریاضیدان معروف عهد شاه عباس انجام داده است. از نكات جالب در مسجد شاه انعكاس صورت در مركز گنبد بزرگ جنوبى است ارتفاع گنبد عظیم مسجد شاه 52 متر و ارتفاع مناره‏هاى داخل آن 48 متر و ارتفاه مناره‏هاى سردر آن میدان نقش جهان 42 متر است. قطعات بزرگ سنگهاى مرمرى یكپارچه و سنگابهاى نفیس از دیدنیهاى جالب مسجد شاه است.

كتیبه‏ هاى داخل مسجد را خوشنویسانى چون عبدالباقى تبریزى، محمد صالح اصفهانى محمد رضا امامى و محمد غنى نوشته‏اند كه از آن جمله‏اند: كتیبه ایوان بزرگ مسجد و اطراف محوطه زیرگنبد به خط عبدالباقى تبریزى كتیبه بالاى محراب مرمرى به خط محمد صالح اصفهان، كتیبه‏هاى چهلستون شرقى گنبد جنوبى به خط محمد رضا امامى و كتیبه داخل ایوان شمالى مسجد به خط عبدالباقى تبریزى.

این مسجد عظیم داراى دو شبستان قرینه در اضلاع شرقى و غربى صحن است. یكى از این شبستانها (شبستان شرقى) بزرگتر اما ساده و بى تزیین است و دیگرى (شبستان غربى) كوچكتر است اما تزییناتى با كاشیهاى خشت هفت رنگ دارد و محراب آن نیز از زیباترین محرابهاى مساجد اصفهان است.

در دو زاویه جنوب غربى و جنوب شرقى دو مدرسه به طور قرینه قرار دارد كه مدرسه زاویه جنوب شرقى را كه حجره‏هایى نیز براى سكونت طلاب دارد، مدرسه ناصرى و مدرسه زاویه جنوب غربى را سلیمانیه مى‏نامند.