تنوع ژنتیکی، بخشی از تنوع زیستی است که به تفاوت های ژنتیکی موجود در ساختار یک گونه مربوط می شود. موفقیت در هر برنامه اصلاح گیاهی بستگی به وجود تنوع ژنتیکی و آگاهی از میزان آن در جمعیت مورد نظردارد. در سالهای اخیر استفاده از نشانگرهای مولکولی چشم انداز نوینی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی فراهم آورده است. با استفاده از این نشانگرها، مکان ارزیابی مستقیم تنوع در سطح ژنوم وجود دارد. از این رو دقت این نشانگرها به دلیل استفاده مستقیم از ماده وراثتی بسیار بالاست. تفاوتهای موجود در بین ردیف DNA کروموزوم های هر موجود که از افراد به نتاج آنها منتقل می گردد، نشانگر ژنتیکی گفته می شود. (قریاضی، 1375) برای آنکه صفتی به عنوان نشانگر ژنتیک استفاده شود، بایستی حداقل واجد دو ویژگی زیر باشد: الف- در بین افراد متفاوت باشد (چند شکل باشد). ب- به توارث برسد. ü سگوویا وهمکاران (2003)، تنوع ژنتیکی را در 9 ژرم پلاسم یونجه توسط 34 مارکر AFLP مورد ارزیابی قراردادند. ü توکاک و همکاران (2008)، تنوع ژنتیکی 14 رقم زراعی یونجه را با 6 آغازگر RAPD مورد بررسی قراردادند. ü قراردی و همکاران (1998)، با استفاده از5 مارکر RAPD به بررسی تنوع ژنیکی بین 8 رقم یونجه پرداختند. ü منگونی و همکاران (1999)، میزانتنوع ژنتیکی بین 4 اکوتیپ و 2 واریته از ژرم پلاسم یونجه های مصری و ایتالیایی را توسط 7 مارکر RAPD و 3 مارکر SSR مورد بررسی قرار دادند. تشخیص و امتیازدهی قطعات با استفاده از از نرم افزارهای Photo Shop 10 و ONE-Dscan تشکیل ماتریس صفر و یک در Excel تعیین محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) با استفاده از نرم افزار Pop gene Version 1.31 به دست آوردن فواصل ژنتیکی، تجزیه خوشه ای، رسم دندروگرام و تجزیه به مؤلفه های اصلی با استفاده از نرم افزار NTSYSpc-2.02 تجزیه به مختصات اصلی با استفاه از نرم افزار GenALEx V.6.2 تعیین خط برش بر اساس تجزیه T2و F کاذب با استفاده از نرم افزار SAS V.9.1     ü محتوای اطلاعات چند شکل (PIC) نشان دهنده میزان اعتبار یک نشانگر در تمایز جمعیت ها از یکدیگر است. ü محتوای اطلاعات چند شکلی از 0/19 تا 0/37 متغیر بود. بالاترین مقدار PIC مربوط به جفت آغازگر M-CAG/E-ACC با 37/0 و کمترین مقدار PIC مربوط به جفت آغازگر M-CTG/E-ACC با 19/0 بود. ü نتایج مشابهی در مورد PIC در یونجه و گندم گزارش شده است (تامز و همکاران، 2005؛ احکامی، 1383).