فتوسنتز تنفس و تنفس نوری در گیاهان عالی:گازکربنیک هوا ماده اصلی است که پیکره گیاهان از آن ساخته شده است. در حقیقت فرآیند فتوسنتز به وسیله احیای گار کربنیک و تشکیل ترکیبات انرژی زا مواد خام آلی و انرژی لازم برای کلیه واکنش های سازنده مواد در گیاه را فراهم می کند و در نتیجه انجام این واکنش ها مواد غذایی مورد نیاز نظیر هیدراتهای کربن، پرتئین ها و چربی ها تولید می شوند عوامل متعددی مانند کمبود مواد عالی و آب ، از طریق کاهش فتوسنتز عملکرد گیاهان را محدود می کنند بر خلاف اهمیت آشکاری که فتوسنتز در عملکرد گیاهان زراعی دارد. رابطه ی بین فتوسنتز و عملکرد مستقیم نمی باشد . یک گیاه زراعی که سرعت فتوسنتز در برگ های آن زیاد است، الزاما محصول اقتصادی زیادی نخواهد داشت . از سوی دیگر چنانچه فتوسنتز در یک محصول زراعی به اندازه کافی انجام نگیرد، نمی تواند عملکرد مطلوبی داشته باشد. فتوسنتز فرایندی که گیاهان سبز به وسیله آن قادرند انرژی تابشی خورشید را دریافت کنند و از آن در تولید قند ها استفاده کنند بی نهایت پیچیده است تا بحا ل این فرآ یند بصورت آزمایشگاهی تکرار نشده است . شیمی فتوسنتز را میتوان در فرایندی خلاصه کرد که در طی آن آب به گاز کربنیک تزکیب می شود و هیدراتهای کربن را تولید می کند. این فرآیند در حضور کلروفیل که رنگدانه ای سبز رنگ در برگ گیاهان است انجام می گیرد و برای پیشبرد واکنش های فتوسنتز به انرژی نورانی نیاز دارد. مراحلی که طی آنها ،گیاه انرژی نورانی را دریافت می کند واکنش های روشنایی یا واکنش های نوری فتوسنتز شناخته می شود و مراحلی که احیای گاز کربنیک و تشکیل قند ها را در بر می گیرد مربوط به واکنش های تاریکی می باشد. زیرا این واکنش ها بعد از اینکه انرژی نورانی توسط شبکه مولکولی دریافت کننده ی نور، گرفته شده و در ترکیبات شیمیایی خاصی ذخیره شد، در تاریکی انجام می گیرند. واکنش های نوری (فتوشیمیاییی) دریافت نور مستلزم همکاری نزدیک بین تعداد زیادی از مولکول های کلروفیل و ترکیبات شیمیایی دیگری است که به عنوان کاتالیزور در واکنش های مختلف شرکت دارند اگر چه جزئیات این فرآیند هنوز به طور کامل روشن نیست ولی به هر حال این واکنش ها در ابتدا با جذب یک فوتون بوسیله مولکول های کلروفیل آغاز می شود. مولکول های کلروفیل در اثر جذب انرژی تحریک می شوند، این مولکول های تحریک شونده قادر به انجام کار هستند و می توتنند انرژی شیمیایی خود را به سایر ترکیبات انتقال دهند. در شبکه کلروپلاستی هر 200 مولکول کلروفیل که به نام فتوسیستم خوانده می شود دریافت شد و به محل واکنش انتقال یافت؛ بین انرژی نوارانی منتقل شده و مولکول آب واکنش های فیزیکی-شیمیایی انجام می گیرد. در نتیجه این واکنش ها، مولکول آب شکسته می شود و اکسیژن یک الکترون آزاد می شود. الکترون آزاد شده به سطح انرژی بالاتری صعود می کند. تصور می شود که نور ابتدا به وسیله فتوسنتز جذب می شود، سپس یک الکترون فعال می شود و اکسیژن خارج می شود الکترون فعال شده، توسط گروهی از مولکول ها ناقل الکترون از بین شبکه فتوسنتز 2 و فتوسنتز 1 عبور می کند و جریان عبور مقداری از انرژی پتانسیل شیمیایی خود را از دست می دهد. در این فرآیند هر چند انرژی پتانسیل الکترون تنزل می یابد ولی یکی از پروتئین ها ک وسیله انرژی الکترون فعال شده است به عنوان کاتالیزور در واکنش میان آدنوزین دی فسفات (ADP) و یون فسفات مصزفی وارد عمل می شود و در نتیجه آدنوزین تری فسفات (ATP) تشکیل می شود بنابراین قسمتی از انرژی دریافت شده از فوتون به پیوند پر انرژی فسفات در مولکول ATP منتقل می شود. به دنبال تشکیل ATP الکترون به فتوسنتز I منتقل می شود و آن را فعال می کند . دومین الکترون وارد سیستم می گردد و مو جب تو لید شدن NADPH می گردد . ATP و NADPH انرژی رایج سلولی هستند و واکنش های مر حله تاریکی را به پیش می برند .